Dūkšto dvaras minimas jau XVI a. Tada juos valdė kunigaikščiai Giedraičiai, o vėliau – Stabrovskiai. 1573 m dvarą nupirko didikai Rudaminos ir valdė jį iki 1813m.. Nuo 1813 m. Dūkšte šeimininkavo Beganskiai ir Daugėlos. Įdomus ir tas faktas, XIX a, pirmoje pusėje Dūkšto dvare gyveno žymus tų laikų dailininkas, Vilniaus universiteto profesorius Jonas Rustemas. Jis čia ir mirė ir palaidotas dvaro kapinaitėse, čia buvusios bažnyčios šventoriuje. Dūkšto dvarą ir jo romantiškas apylinkes labai mėgo ir dažnai čia lankydavosi ir Filomatų draugijos kūrėjas, poetas ir geologas Tomas Zanas. Su juo čia neretai atvažiuodavo ir artimas jo draugas poetas Adomas Mickevičius. 1901 m. tuometinio dvaro šeimininko Daugėlos dukra Teresė susituokė su Tomu Zanu ( jaunesniuoju). Zanams dvaras priklausė iki Antrojo pasaulinio karo. Puošnūs klasicizmo stiliaus dvaro rūmai ir ūkiniai pastatai ( svirnas, ratinė, arklidė, tvartai ) ant Parsvėto ežero kranto buvo pastatyti XVIII – XIX a. Juos pradėjo statyti Rudaminos, o baigė Beganskiai. Dvaro ūkiniams pastatams daugiau būdingi liaudiški motyvai. Nuo rūmų atsiveria puiki panorama į šalia esantį ežerą bei gretimas apylinkes. 1939-1944 m. Dūkšto dvare buvo įsikūrusi Žemesnioji žemės ūkio mokykla. 1966 – 1975 m. Dūkšto dvaro ansamblio pastatai buvo daugiau ar mažiau remontuojami pagal Paminklų konservavimo instituto paruoštus projektus. Pokario metais jie buvo paskelbti respublikinės reikšmės architektūros paminklu.
Dvaro sodyba yra privati nuosavybė. Buvo planuojama, kad 2007 metais dvaro rūmuose atsidarys viešbutis, bet savininkai nusprendė dvarą parduoti ir 2008 metų rudenį jis tebebuvo užkonservuotas.
Teksto komentarai